La educación ha sido uno de los asuntos más polémicos del gobierno de Barkos. En Pamplona también hubo conflicto en las escuelas infantiles, ya que el cuatripartito cambió a euskera el modelo lingüístico de dos centros y eliminó 200 plazas en castellano. Las familias lo denunciaron al ayuntamiento y el asunto sigue pendiente del fallo del Tribunal Supremo.

A lo largo de estos cuatro años ha habido dos grandes OPEs. Una noticia positiva después de seis años sin convocatoria para la creación de Oferta Pública, aunque llegaba con descontento político y social por el exceso de plazas en euskera. Asimismo, fueron criticadas por Podemos e I-E. Fue la Asociación de Funcionarios de la Administración pública de Navarra quienes la llevaron a los tribunales. Una de ellas fue anulada por los tribunales y otra sigue pendiente.

Durante estos cuatro años también ha habido desacuerdo con la Universidad de Navarra por el recorte de las becas a su alumnado con el curso ya comenzado. En este momento, en abril de 2017, llegó la dimisión del consejero Mendoza. Fue María Solana quien le relevó y anunció que continuaba con su gestión. Una gestión que no evitó que siguiera habiendo ceses en el departamento, ya que se registraron un total de 120 ceses durante toda la legislatura.

La última gran polémica ha surgido en torno al programa de coeducación Skolae. UPN y PP lo han criticado, ya que consideran que choca con la libertad de las familias para elegir la educación que quieren para sus hijos. Un asunto que actualmente está en los tribunales.